Het is evenwel niet terecht de Nederlandse Verlichting uitsluitend in verband te brengen met het ongeloof. Illustratief hiervoor zijn de predikant Balthasar Bekker en natuurwetenschappers W. 's-Gravenzande en P. Musschenbroek. Bekker wilde de rede gebruiken om het bijgeloof van het ongeloof te onderscheiden. Bij de Nederlandse natuuronderzoekers speelden religieuze factoren een grote rol. De verbinding tussen natuurwetenschap en theologie was kenmerkend voor de zogenaamde fysico-theologie. Hierin kreeg God weer een dubbelrol toebedeeld: die van Schepper, tevens verantwoordelijk voor de instandhouding van de wereld. Voor atheïsme en deïsme is bij hen geen plaats. De Nederlandse verlichtingsdenkers waren er niet op uit de waarde en de geldigheid van de openbaring aan te tasten. De rede moest juist het christendom verdedigen. Het duidelijkste voorbeeld hiervan is het wel zeer populaire boek van de Purmerendse arts Bernard Nieuwentyt uit 1715, dat verscheen onder de veelzeggende titel: Het Regt gebruik der wereltbeschouwingen ter overtuiginge van ongodisten en ongelovigen.
Door nieuwe natuurwetenschappelijke methoden en het optimistische godsbeeld van de achttiende eeuw, raakte de fysico-theologie echter los van haar reformatorische wortels. Orthodoxe gereformeerden, in de zin van 'Dordt', maakten zich zorgen over de consequenties van het nieuwe denken. Voorbeelden hiervan waren de dominees Alexander Comrie (1706-1774) en Nicolaas Holtius (1693-1773) die hun Examen van het Ontwerp van Tolerantie schreven, waarin ze opponeerden tegen de geest van tolerantie in de kerk en in de staat, In het Nederlandse Verlichtingschristendom werd de openbaring vervangen worden door een natuurlijke godsdienst. De Zutphense predikant J.F. Martinet verruilde de Heidelbergse Catechismus voor zijn eigen Katechismus der natuur. De Maatschappij tot het Nut van het Algemeen trok de consequentie, door het godsdienstonderwijs te vervangen door natuurkunde onderwijs. Iedereen moest mee helpen bouwen aan een betere wereld door het betrachten van deze deugdzaamheid, opdat allen gelukkig zouden zijn. De verlichte geesten waren bezield door een uitgesproken pedagogisch optimisme In 1778 verscheen het eerste boekje dat speciaal voor kinderen geschreven was: Proeve van kleine Gedigten voor Kinderen van Hieronymus van Alphen. De christelijke Verlichting heeft zich ver verwijderd heeft van het orthodoxe christendom, waarin de zonde van de mens hem als schuld aangerekend wordt. De gedachte dat de mens te vervolmaken is door zijn gedrag aan de rede te toetsen, staat haaks op de gereformeerde belijdenisgeschriften.